{jcomments off}Tento článok vznikol v spolupráci s biológom Michal Šebeňa.
Vírusy chrípky sú jednovláknové RNA vírusy s negatívnym zmyslom z čeľade Orthomyxoviridae.
Od vzniku Zeme je naša planéta plná vírusov. Tieto častice tu boli prv, ako ktorékoľvek iné vrátane živých organizmov. AK by sme ich chceli všeobecne a stručne charakterizovať, tak ide o malé a jednoduché infekčné častice bez bunkovej membrány, ktoré si vystačia len s trochou genetickej informácie. Parazitujú a zabíjajú svojich nedobrovoľných hostiteľov. To je klasický pohľad na vírusy, a preto nie sú u ľudí také obľúbené. Mali by sme im však byť vďační, pretože sa zdá, že keby nebolo ich, jednoducho by sme neexistovali. V životnom prostredí zohrávajú nečakane dôležitú úlohu. Vírusy sú zvláštne. Väčšina biológov ich neradi klasifikuje ako živé organizmy, pretože im chýbajú charakteristické črty. Nedisponujú vlastným metabolizmom a nedokážu sa sami replikovať. Na to potrebujú svojho nedobrovoľného hostiteľa. Pokiaľ do hostiteľa neprenikli, sú to iba nepatrné častice pozostávajúce iba z niekoľkých nukleových kyselín, ktoré obsahujú pokyny na replikáciu, obklopené proteínovým obalom. Vírusy ďalej zohrajú svoju úlohu v životnom prostredí už dlho, pretože príbuzní patogénu ľudskej obrny infikujú organizmy planktónu. Vírusy sprevádzajú vývoj bunkových živých organizmov miliardy rokov – a výrazne ich ovplyvnili. Vírusy sú teraz „podozrivé“ z toho, že prenášajú genetické informácie z jedného organizmu do druhého, ako tzv. „taxík“, čím sa urýchľuje vývoj. Projekt ľudského genómu odhalil, že ľudský genóm má množstvo sekvencií vírusových génov.
Vírusy chrípky sú jednovláknové negatívne RNA vírusy spadajúce do čeľade Orthomyxoviridae. Ich genóm sa skladá z 8 segmentov, ktoré celkovo kódujú 11 proteínov a majú celkovú dĺžku ~13,6 kb. Dva z týchto segmentov kódujú povrchové proteíny hemaglutinín (HA) a neuraminidázu (NA) a práve tieto proteíny sa používajú pri podtypovaní vírusov chrípky (t.j. H5N1). V súčasnosti je známych šestnásť typov HA a deväť typov NA. Proteín HA je dôležitý pri vstupe do buniek a interakciách s imunitným systémom hostiteľa, zatiaľ čo proteín NA katalyzuje uvoľňovanie vírusu z infikovaných buniek. Vďaka trom dôležitým vlastnostiam sú chrípkové vírusy vysoko adaptabilné, schopné vyhnúť sa imunitným reakciám hostiteľa a ďalej schopné infikovať nové hostiteľské druhy. Enzým, ktorý katalyzuje replikáciu RNA z RNA templátu (RNA-dependentná RNA polymeráza), je náchylný na chyby, počas replikácie. Štruktúra genómu chrípkového vírusu umožňuje výmenu aj celých segmentov medzi vírusmi, ktoré spoločne infikujú bunku, čo je proces nazývaný preskupenie.
Vírusy sa vyvinuli takým spôsobom, že je ťažké ich zabiť. Prečo sú tak náročné na liečbu? Súčasťou problému je povaha samotných vírusov. Existujú ako voľne žijúce „zombie“ – nie celkom mŕtve, ale rozhodne nie živé. Vírusy nerobia vlastne nič. Sú nečinné, až dokým neprídu do kontaktu s hostiteľskou bunkou. Zvláštne zloženie týchto infekčných agensov je súčasťou toho, čo sťažuje ich usmrtenie. Vírusy sú v porovnaní s inými patogénmi, akými sú napríklad baktérie, nepatrné. A pretože nemajú žiadny z charakteristických znakov živých vecí napríklad metabolizmus alebo schopnosť vlastnej reprodukcie, je náročné ich zamerať pomocou liečiv. Aj keď sú na niektoré vírusy k dispozícii antivírusové lieky, nemusia infekciu nevyhnutne vyliečiť. Lieky používané na liečbu HIV sú napríklad účinné pri potláčaní replikácie vírusov, ale nie pri jeho eradikácii. Sezónnu chrípku je možné liečiť antivírusovými liekmi, ktoré môžu pomôcť skrátiť trvanie ochorenia, ale je bežné, že vírus dokážeme odhaliť aj potom, čo sa pacientovi zotaví. Vírusy sú proste jedinečné, ktoré dokážu obísť nielen spomenuté lieky, ale aj vakcíny a dokonalý imunitný systém.
Prenos chrípky je poháňaný interakciami medzi hostiteľskou komunitou, prostredím a spoločným vývojom medzi hostiteľom a patogénom. Antropogénne zmeny životného prostredia vrátane rozvoja poľnohospodárstva, využívania pôdy, globalizácie a klimatických zmien zmenili ekológiu a evolúciu vírusov chrípky a ich vplyv skúmame individuálne aj synergicky. Ak dokážeme pochopiť ekológiu a vývoj chrípkových vírusov u voľne žijúcich a domácich vtákov, môže nám to umožniť identifikovať procesy, ktoré prispievajú k vzniku ďalšieho pandemického ľudského kmeňa. Dôležitým znakom prenosu a virulencie chrípkových vírusov je ich tkanivový tropizmus alebo infekčnosť rôznych typov tkanív v hostiteľoch. U vtákov väčšina chrípkových vírusov primárne infikuje črevné a v menšej miere aj dýchacie bunky, a preto sa vylučujú výkalmi a respiračnými sekrétmi.
Vírusy chrípky A spôsobujú u ľudí každoročné infekcie s vysokou morbiditou a úmrtnosťou. Vírus vtáčej chrípky (AIV), ktorý sa nachádza často v biotope u zvierat kačíc, vyvoláva celkom mierne ochorenie. Avšak, keď sa vírusu podarí prekročí druhovú bariéru, sa tejto infekcii pripisujú patogénne vlastnosti. Pri infikovaní fylogeneticky vzdialenejších druhov (napr. kurčiat a moriek) môže AIV spôsobiť vysokú chorobnosť a v niektorých prípadoch môže zmeniť vírus na vysoko patogénny variant s takmer 100% úmrtnosťou. Keďže ide o veľmi adaptabilný vírus, tieto vlastnosti sú časté a mnohé druhy sú náchylné na vírus chrípky. Keď podtyp AIV, ktorý predtým neinfikoval ľudí, prekročí druhovú bariéru, prispôsobí sa ľuďom a ľahko sa šíri. Na chrípkovú infekciu neexistuje žiadny liek a očkovanie je ťažkopádne úsilie, takže v súčasnosti je stratégiou pri vypuknutí pandémie kontrola škôd. Záujem o ekológiu AIV dramaticky vzrástol od začiatku tisícročia ako kľúčový faktor pre preventívnu prácu pre budúce pandémie. Vírus chrípky je veľmi prispôsobivý a dokázal infikovať a zároveň adaptovať sa širokému spektru hostiteľov. Ochorenie spojené s infekciou vykazuje široké spektrum symptómov, ktoré čiastočne závisia od genetických vlastností vírusu, ale aj od druhu hostiteľa. V prirodzenom hostiteľovi nemožno pri prehliadke identifikovať žiadne príznaky infekcie, zatiaľ čo iné druhy vtákov a cicavcov sú postihnuté závažnejšie s príznakmi v rozsahu od veľmi miernych, až po veľmi závažné. Všetky kmene vírusu chrípky infikujúce druhy cicavcov pochádzajú z voľne žijúcich vtákov. Izolácie nízkopatogénnych vírusových kmeňov z čisto suchozemských vtákov sú naopak zriedkavé. Ďalší dôkaz, že voľne žijúce vtáky predstavujú rezervoár pre vírus chrípky A, pochádzajú zo štúdií o vývoji vírusu, ktoré v priebehu času preukázali obmedzený vývoj u divých kačíc. Preto sa predpokladá, že vírus chrípky A existuje v evolučnej stagnácii v druhoch rezervoárov. Podtypy H1N1 a H3N2 vírusu chrípky A sledujú u ľudí epidemiologický vzorec a považujú sa za endemické. Hoci H2N2 pretrvával dlhý čas. Vírus chrípky A môže byť niekde vo svete izolovaný každý mesiac, s pretrvávajúcou infekciou v ľudskej populácií. Vírusové kmene, ktoré cirkulujú v ľuďoch, spôsobujú najmä respiračné ochorenia a prednostne infikujú epitel lemujúci dýchacie cesty. Šírenie podtypu vírusu chrípky typu A, s ktorým sa ľudská populácia predtým nestretla, a preto proti nemu nemá žiadnu imunitu, môže byť rýchla, čím môže spôsobiť epidémie po celom svete. Závažnosť infekcie (epidémií) sa môže líšiť v závislosti od kmeňa, ako aj v rozdielnosti v správaní. Vírus chrípky A je schopný infikovať niekoľko druhov cicavcov a v niektorých prípadoch vytvoriť endemické šírenie. Každý vírus sa viaže svojím špecifickým receptorom na receptor bunky. Každý má svoju rolu infekcie s typickými klinickými príznakmi. Iba mutácie dokážu vírus čiastočne pozmeniť, čím väčšina buniek imunitného systému v ľuďoch si konkrétneho patogéna nepamätá. Tým dochádza ku vzniku väčších ohnísk. Preto nikdy neexistuje kolektívna imunita voči vírusom, iba čiastočná skôr nepatrná.
Ako vyššie spomínam, tak rozsah druhovej infekčnosti silne závisí od typu kmeňa. Ošípané sú často infikované vírusom chrípky A, ktoré sú špecifické na prispôsobenie ošípaným. Ošípané sú však tiež citlivé na vírusové kmene prispôsobené ľuďom aj vtákom, čo možno vysvetliť skutočnosťou, že respiračný epitel ošípaných exprimuje kyselinu sialovú (SA). Kmene vtáčích vírusov rôznych podtypov boli nájdené u ošípaných pri mnohých príležitostiach. Predpokladá sa, že kmene vírusu chrípky A u koní sú vtáčieho pôvodu. Zistilo sa, že kone infikujú rôzne podtypy a antigénny drift vytvára odlišné línie v rámci podtypov. Najmenej dva podtypy vytvorili stabilné línie: H7N7 a H3N8. Kedysi neboli druhy psov významným nosičom vírusu chrípky. V roku 2004 však u dostihových chrtov spôsobil vírus chrípky A (H3N8) prepuknutie a zároveň sa zistilo, že ide o variant vírusu konskej chrípky A, ktorý sa prispôsobil šíreniu u psov. To spustilo ďalšie bádanie medzi chovateľmi psov v Spojených štátoch. Našli sa sérologické dôkazy bežnej chrípkovej infekcie a tiež vírusové izoláty. V juhovýchodnej Ázii vedci izolovali vírus chrípky H5N1 zo psov a zistili, že protilátky proti H5N1 sú bežné u thajských psov, čo naznačuje, že už boli dávno infikovaní. Norky a fretky sú citlivé na vírus chrípky typu A a v experimentoch sa používajú od roku 1933. Pri infikovaní vírusom chrípky ľudského typu sú zobrazené symptómy veľmi podobné ako u ľudí: respiračné symptómy ako kýchanie a kašeľ, znížená chuť do jedla s následným úbytkom hmotnosti, letargia a horúčka. V rokoch 1979–1980 uhynuli tulene pri Cape Cod na východe Spojených štátov na hemoragickú pneumóniu. Zistilo sa, že pôvodcom ochorenia je vírus chrípky A podtypu H7N7. Vírus obsahoval gény podobné vtákom, ale správal sa ako kmeň cicavcov. Je obdivuhodné, ako sa rôzne podtypy dokážu šíriť a silne adaptovať aj na iného hostiteľa.
Náhodné zavlečenie nových vírusov zo zvieracej ríše je aj naďalej veľkým zdravotným a ekonomickým problémom pre ľudskú populáciu. Vírus chrípky postihuje dýchacie cesty priamou vírusovou infekciou alebo častým poškodením v dôsledku reakcie imunitného systému. U ľudí je respiračný epitel jediným miestom, kde sa molekula hemaglutinínu (HA) účinne štiepi, čím sa vytvárajú infekčné vírusové častice. K prenosu vírusu dochádza kontaktom vnímavého jedinca s aerosólmi alebo respiračnými výlučkami infikovaného jedinca. Približne u 30–40 % hospitalizovaných pacientov s laboratórne potvrdenou chrípkou je diagnostikovaný akútny zápal pľúc. Títo pacienti, u ktorých sa rozvinie pneumónia, sú poväčšine vo veku < 5 rokov, > 65 rokov, majúce chronické ochorenie pľúc alebo srdca resp. sú imunokompromitovaní. Chrípka môže primárne spôsobiť ťažkú pneumóniu, ale môže sa prejaviť aj v spojení so sekundárnou bakteriálnou infekciou a to najčastejšie s baktériami Staphylococcus aureus a Streptococcus pneumoniae. Chrípka je spojená s vysokou predispozíciou k bakteriálnej sepse a ARDS. Vírusové infekcie prezentujúce sa súčasne s bakteriálnou pneumóniou sa v súčasnosti vyskytujú s frekvenciou 30–50 % u dospelých aj u detí. Podtyp H3N2 sa spája s bezprecedentne vysokými úrovňami prijatia na jednotku intenzívnej starostlivosti (JIS).
Chrípka A je prevládajúcou vírusovou etiológiou syndrómu akútnej respiračnej tiesne (ARDS) u dospelých. Rizikové faktory nezávisle spojené s ARDS sú vek medzi 36 a 55, tehotenstvo a obezita. Na JIS, najmä v zimnom období, by malo byť podozrenie na chrípku nielen u pacientov s typickými symptómami a epidemiológiou, ale aj u pacientov s ťažkým zápalom pľúc, ARDS, sepsou, či už s alebo bez bakteriálnej koinfekcie. Zároveň aj u pacientov s encefalitídou, myokarditídou a rabdomyolýzou. Infekcia alveolárnych epitelových buniek vedie k rozvoju závažného ochorenia, pričom likviduje kľúčové mediátory výmeny plynov a umožňuje vírusovú expozíciu endotelovým bunkám. Včasné interakcie medzi vírusom chrípky, alveolárnymi makrofágmi, ktoré sa nachádzajú v pľúcnych dýchacích cestách, a epiteliálnou výstelkou sú dôležitým determinantom progresie alveolárneho ochorenia. Akonáhle je táto tzv. „krehká“ vrstva narušená, vystavenie cytokínu a vírusovému antigénu endotelovej vrstve môže zosilniť zápal, pričom endotelové bunky sú hlavným zdrojom prozápalových cytokínov, ktoré budú riadiť veľkosť a charakter následných vrodených a adaptívnych imunitných reakcií. V konečnom dôsledku zapojenie významných častí dýchacích ciest do infekčnej reakcie, buď priamou vírusovou infekciou alebo poškodením odpovedajúcim imunitným systémom, predstavuje fyziologické zlyhanie. Neschopnosť pľúc vykonávať svoju primárnu funkciu výmeny plynov môže byť výsledkom viacerých, nevýlučných mechanizmov, vrátane obštrukcie dýchacích ciest, straty alveolárnej štruktúry, straty integrity pľúcneho epitelu v dôsledku priameho zabíjania epitelových buniek a degradácie kritických extracelulárna matrica, ktorá udržuje štruktúru pľúc.
Zaujímavé je, že obézne zvieratá a ľudia sú výrazne náchylnejší na závažnú chrípku so zvýšeným poškodením pľúc a trvalou vírusovou replikáciou. Tým dochádza k zlyhaniu imunity hostiteľa a potenciálnej zvýšenej vírusovej patogenéze. Mechanizmy súvisiace s obezitou a náchylnosťou sú pravdepodobne zložité a multifaktorové, vrátane zvýšeného zápalu a zníženého hojenia rán u obéznych jedincov. Obezita navyše tlmí niektoré znaky adaptívnej imunity. Infekcia vírusom chrípky môže mať veľmi podobný klinický obraz ako bakteriálna sepsa. Konkrétne, niekoľko štúdií preukázalo, že oba Toll-like receptory 2 a 4, ktoré sú hlavnými receptormi pre grampozitívne a gramnegatívne baktérie, tiež súvisia s patogenitou chrípky. Zápalová odpoveď sa tiež líši podľa vírusového kmeňa; napríklad vírus H5N1 produkuje silnejšiu odpoveď ako vírus H1N1 a H7N7 v krvných makrofágoch, ale H1N1 produkuje silnejšiu produkciu cytokínov ako iné kmene. Pri bakteriálnej sepse, sa pri infekciách vírusom chrípky preukázalo poškodenie endotelu a zmeny mikrovaskulárnej permeability vedúce k edému tkaniva.
Výskyt vírusovo-bakteriálnych respiračných koinfekcií je opísaný už viac ako storočie. V súčasnosti sú vírusové etiológie zodpovedné za jednu tretinu všetkých prípadov komunitných pneumónií (CAP). Tieto etiológie zahŕňajú chrípku, parainfluenzu, koronavírus, rinovírus, metapneumovírus, adenovírus, respiračný syncyciálny vírus a iné menej časté mikroorganizmy. Vírusové infekcie prezentujúce sa súčasne s bakteriálnou komunitnou pneumóniou sa vyskytujú s frekvenciou 30–50 % v dospelej aj detskej populácii. Vírusovo-bakteriálne infekcie postihujú aj 10–20 % pacientov s pneumóniou získanou v nemocnici. Je potrebné poznamenať, že rastúce dôkazy naznačujú, že 20–30 % pediatrických a dospelých pacientov s podozrením na bakteriálnu sepsu môže mať vírusovú koinfekciu (napr. chrípku, metapneumovírus, koronavírus a respiračný syncyciálny vírus). Rastúce množstvo dôkazov naznačuje, že chrípkovo-bakteriálne koinfekcie sú spojené s vyššou chorobnosťou a vyššou mortalitou. Mechanizmus zvýšenej náchylnosti na bakteriálnu koinfekciu po infekcii vírusom chrípky sa stal predmetom mnohých štúdií. Imunitné prostredie pľúc je po infekcii vírusom chrípky podstatne zmenené s včasnou depléciou alveolárnych makrofágov. Keďže tieto bunky zohrávajú kľúčovú úlohu v reakcii na mnohé bakteriálne infekcie, ich strata môže zohrávať rozhodujúcu úlohu pri zvyšovaní citlivosti. Okrem toho sú normálne regulačné mechanizmy, ktoré sú vyvolané akoukoľvek zápalovou odpoveďou, spustené vírusovou infekciou. Podobne infekcia vírusom chrípky indukuje systémové glukokortikoidy, ktoré môžu tlmiť zápal na ochranu integrity tkaniva, ale umožňujú aj zvýšený rast baktérií. Chrípka môže primárne spôsobiť ťažkú pneumóniu, ale môže sa prejaviť aj v spojení alebo po nej nasledovať sekundárna bakteriálna infekcia, najčastejšie S. aureus a S. pneumoniae. Vírus chrípky A (H3N2) sa spája s bezprecedentne vysokým počtom hospitalizácií na jednotkách intenzívnej starostlivosti (JIS). Patogenita chrípky je polygénny znak, ktorý je modifikovaný aktuálnemu zdravotného stavu hostiteľa a pravdepodobne nie je jednoznačne daný s konkrétnymi mutáciami.
Záverom môžem potvrdiť, že chrípka vďaka svojej silnej adaptabilite, prispôsobivosti k rôznym druhom hostiteľom a najväčším zvieracím rezervoárom v biotope sa ju nikdy nepodarí eradikovať. Vždy nás ohrozovala a ohrozovať nás bude. Za toto všetko môžu vďačiť vysokým mutáciam a genetickej rekombinácií.
Čo sa týka testovania pomocou PCR, tak sa jedná o veľmi citlivú metódu detekcie prítomnosti vírusovej RNA (pomocou PCR sa vírus detekuje, na jeden alebo viac fragmentov génov). Síce môže byť detekovaný fragment génu vírusu „pozitívne nájdený“, ale je tu istá otázka - Je však táto vírusová RNA aktívna? To znamená, či má táto detegovaná vírusová RNA schopnosť reprodukcie vírusu, infekcie a nastolenie patologického procesu alebo, či sa môže vírus prenášať na iných ľudí ???
V klinických laboratóriách existuje niekoľko testov zameraných na dôkaz koronavírusu (SARS-CoV-2) a na akútne respiračné syndrómy. Lenže medzi rôznymi testami existuje veľké množstvo rozdielov. Tieto testy boli navyše rýchlo vyvinuté, minimálne štandardizované a neexistuje vhodná metóda spoliehajúca sa na hodnotenie kvality výsledkov. Okrem toho nie sú k dispozícii dobré odhady v diagnostickej citlivosti a špecifickosti. Dôraz sa viac kládol na diagnostickú citlivosť a je známe, že táto citlivosť je slabá, ak sa test vykoná príliš skoro - než dôjde k vylučovaniu detekovateľnej RNA. Vírusová RNA môže byť detekovateľná ešte určitý čas po aktívnej infekcii, hoci vírus nie je životaschopný alebo infekčný. Falošné pozitívne výsledky závisia od dĺžky sond DNA, počtu a ktorých génov sa merajú a taktiež aj vplyvom technických chýb. Po PCR nasleduje druhý krok na potvrdenie správnosti amplifikovanej látky, ako napríklad blotovacia metóda. RT-PCR sa zvyčajne používa na diagnostické účely (za účasti iných potrebných metód), nie na skríning. Tieto diagnostické metódy sa častejšie vykonávajú hlavne pri chronických vírusových infekciách, ako sú HCV, HIV a chronické HBV. Napriek tomu sú pri všetkých týchto chronických ochoreniach koncentrácie protilátok vysoké a sérológia zvyčajne predchádza rRT-PCR, takže falošné pozitívne nálezy sú zriedkavé.
Prvá vec, ktorú si musíme uvedomiť, je, že žiadny test nie je stopercentne dokonalý. Výsledky RT-PCR pomocou primérov v rôznych génoch môžu byť ľahko ovplyvnené variáciami sekvencií vírusovej RNA. V skutočnosti vzorka negatívnej kontroly templátu by mala byť negatívna a nemala by vykazovať žiadne krivky rastu fluorescencie, ktoré by prekračovali prahovú hranicu. Kontaminácia vzorky môže viesť k falošne pozitívnym výsledkom pri jednej alebo viacerých reakciách NTC priméru a sondy.
Detekcia vírusov pomocou PCR je užitočná, pokiaľ je možnosť pochopiť jej presnosť. Ponúka nám kapacitu na detekciu RNA v nepatrných množstvách, ale to, či táto RNA predstavuje infekčný vírus, nemusí byť jasné. Test PCR môže vyhľadať daný vírus, ktorý má byť cieľom detekcie, výsledkom je PCR pozitívna, zostáva tu však zásadná otázka: je tento vírus aktívny, t.j. infekčný alebo virulentný? Samotná PCR nevie na túto otázku odpovedať. Je potrebné vždy vykonať zdĺhavejšie laboratórne metódy ako detekcia na vírusových kultúrach, test plakov a imunofluorescencia. Vo vírusovej kultúre sa vírusy injikujú do laboratórnych bunkových línií, aby sa zistilo, či spôsobujú poškodenie (cytopatogenický efekt) a smrť buniek. Iba tak sa uvoľní celá skupina nových vírusových častíc, ktoré môžu infikovať ďalšie a ďalšie bunky. Ide teda o to, že ak PCR deteguje vírus v ľudskej vzorke, táto detekcia by mohla zodpovedať vírusu, ktorý dnes nie je schopný infikovať bunky a reprodukovať sa. Molekulárny biológovia môžu zistiť, či je vírus infekčný, a to tak, že ho injikujú do kultivačných buniek. Ak tieto bunky nie sú ovplyvnené vírusom a vírus sa v nich vôbec nereprodukuje, potom pomocou PCR testu bol teda zistený vírus, ktorý už nie je aktívny. To znamená, že pozitivita PCR je neinfekčná pozitivita. Pri samotných testoch PCR sa môže vyskytnúť niekoľko nezmyselných výsledkov: PCR test je pozitívny, ale bolo to spôsobené krížovou kontamináciou alebo nešpecifickými interakciami. Potom by bol test FALOŠNE POZITÍVNY, pretože vírus SARS Cov2 sa vo vzorke nenachádza. To znamená, že pozitivita PCR je skôr FALOŠNE POZITÍVNA ako SKUTOČNE POZITÍVNA. Ale to nie je jediná možnosť. Aj keď test PCR detekuje iba SKUTOČNÉ POZITÍVA v tom zmysle, že vo vzorke je prítomný vírus, alebo lepšie, fragment cieľového génu, zostáva nám zistiť, či daná osoba môže infikovať ostatných ľudí alebo sa neustále infikuje osoba, ktorá vírus ponáša. Predstavte si, že vírus vstupuje do vášho tela a o pár dní až mesiacov to už s Vami nemusí nič urobiť. Rovnako nebude mať žiadny efekt na Vaše bunky, nemusí do nich vstúpiť aj keď s osobami v blízkom kontakte s nimi komunikujete alebo dokonca kýchate. Je tiež možné, že vám tento vírus jednoducho nikdy nič neurobil a od začiatku mu chýbala infekčnosť. V osobe však môžu byť stále prítomné stopy vírusu. V tomto prípade je vírus prítomný, ale neaktívny.
Štúdia La Scola a kol. skúmala 3 790 pozitívnych vzoriek so známymi hodnotami Ct a zistila, že 70 % z týchto vzoriek možno kultivovať, ak majú Ct ≤ 25, ale menej ako 3 %, ak majú Ct > 35. Bullard testoval 90 vzoriek zo vzoriek pozitívnych na Covid-19 prostredníctvom inkubácie s bunkami Vero, aby sa posúdila ich infekčnosť. Dospeli k záveru, že vzorky s Ct > 24 alebo odobraté > 8 dní po nástupe symptómu neboli schopné infikovať bunky. Pozitívne testy RT-PCR skutočne nekorelujú so stavom infekcie. Wölfel a kol. preukázali, že po 8 dňoch od nástupu symptómov nebolo možné vírus izolovať v bunkovej kultúre, napriek pretrvávajúcej vysokej vírusovej záťaži vo výsledkoch RT-PCR. Iné štúdie skutočne dospeli k záveru, že RNA SARS-CoV-2 možno ešte stále detegovať 6–8 týždňov po nástupe symptómov a po odstránení symptómov, bez korelovanej infekčnosti bunkovej kultúry. Mohli by teda hodnoty Ct pomôcť lekárom určiť, či je pacient vysoko infekčný alebo nie, a mali by byť izolovaní a sledované kontakty? Hodnoty Ct sú mnohými považované za nedokonalé meranie a závislé od laboratória. Okrem toho infekčnosť, meraná infekciou bunkovej kultúry, môže byť len náhradným markerom infekčnosti. Vírus môže byť účinnejší pri infikovaní svojho prirodzeného hostiteľa ako bunková kultúra. Skutočnú odpoveď na otázku infekčnosti môžu poskytnúť iba epidemiologické štúdie, korelujúce počet sekundárnych prípadov infikovaných osobou s danou hodnotou Ct v danom čase.
Ešte sa vrátim na prahové cykly (ct). Chyby zosilnenia sú možné až priam časté v systémoch prekračujúcich prahovú hodnotu cyklu (Ct) 40. Detekcia iného vírusu alebo mikroorganizmu (iného ako SARS-CoV-2) sa tiež predpokladá, ako jedna z pravdepodobných hypotéz falošne pozitívnych výsledkov spolu s interferenciou čistých technických artefaktov a pravdepodobnosťou krížovej kontaminácie pri možnej zlej manipulácie. Miešanie vzoriek, chyby v údajoch a problémy so softvérom môžu taktiež viesť k falošne pozitívnym výsledkom. Týmto netvrdím, že všetky PCR testy, ktoré sa v súčasnosti vykonávajú sú nedostatočné resp. chybné, ale PCR nie je vhodná na pre asymptomatických pacientov. Na detekciu vírusov je nutné vykonať aj iné metódy, aby sme docielili, či je pacient infekčný nosič, alebo danú chorobu prekonal a v jeho tele ostali len vírusové fragmenty. Každý RTqPCR poskytuje „q“, pokiaľ ide o hodnotu Ct. Každá infekčná choroba má minimálne množstvo vírusu potrebného na to, aby sa infekcia uchytila. To sa líši podľa vírusu a imunitnej kompetencie jednotlivca. Laboratórny zlatý štandard pre stanovenie infekčnosti je potrebné infikovať bunkové kultúry vírusom. Tieto in-vitro laboratórne testy majú výhrady: laboratórne kultivované bunkové ciele nemusia predstavovať bunky u pacientov; podmienky laboratórneho rastu sú umelo optimalizované; v Petriho miske nie je vrodená ani adaptívna imunitná reakcia; atď.
Podľa stránky ASU (Štátna univerzita v Arizone) je v akademickej literatúre zistené, že testy majú veľmi odlišné počty Ct. Uvedených 20Ct pre najcitlivejší protokol znamená relatívne menej prenosných 1 000 až 10 000 (103-104) kópií/ml vo vzorke. Pri 100 000 (105) vírusových kópiách/ml sa počet Ct pohybuje od 18 Ct do 32 Ct. Hovoriť o vírusovej záťaži iba v termínoch Ct je zavádzajúce a v skutočnosti bezvýznamné, pokiaľ sa nestanoví štandardná krivka a Ct nepreloží do vírusovej záťaže. (Stále existujú neanalytické problémy, ktoré môžu narušiť porovnateľnosť, napríklad: SARS-C0V-2 je rezidentom v tkanivách, takže vzorka z dýchacieho traktu nemusí priamo odrážať klinické výsledky, ktoré označujú pacienta, ako infekčného pre spoločnosť. Teda, iba niekoľko štúdií skúmalo, ako hodnoty Ct súvisia s infekčnosťou vírusov a ako môžu preanalytické problémy ovplyvniť vírusovú infekčnosť a detekciu RNA. Prítomnosť samotného vírusového genómu nie je dostatočným dôkazom infekčnosti a pri hodnotení infekčnosti vzoriek je potrebná opatrnosť. Pre pochopenie to znamená, že hodnota CT v RT PCR znamená, že koľkokrát musíte vynásobiť počiatočné počty RNA/DNA v pôvodnej vzorke, aby boli aspoň minimálne zistiteľné najnižším prahom predpísanej testovacej metódy. Jednoducho povedané, koľkokrát musíte zvýšiť pôvodnú sumu, aby ste ju sotva videli. Takže v prípade covid19 teoreticky platí, že ak má pôvodná vzorka nižšie množstvo RNA/DNA, tým viac krát ju musíte znásobiť polymerázovou reťazovou reakciou, aby ste dosiahli úroveň, ktorú je možné aspoň zistiť. Vyššia hodnota CT = nižšie počet vírusov (vírusová záťaž). Čo by nám teoreticky malo povedať, ako závažná je infekcia.
Ale v praxi to NEMÁ žiadny význam. Prečo? Kvalita vzorky sa veľmi líši, keď sa dostane do laboratória.
Hlavne to závisí od:
Ako bola vzorka odobratá.
Odkiaľ
S akým veľkým tlakom
Ako sa to prepravovalo
Aké bolo riediace médium
Pôvodné absolútne množstvo vzorky
Vlhkosť a teplota okolia
Údržba chladiaceho reťazca
A mnoho ďalších faktorov
V praxi je to teda úplne zbytočné.
Nielen výrobcovia PCR, ale aj hlavný zakladateľ PCR metódy vždy pripomínali používateľom, že výsledok detekcie tohto produktu slúži iba na vedecké použitie a nemal by sa používať ako jediný dôkaz pre klinickú diagnostiku. Je určený na konkrétnu identifikáciu v klinických vzorkách od pacientov s príznakmi ochorenia a následne po kultivačných testoch.
Je mi cťou, že som mohol spoznať takého úžasného človeka, ktorý tiež bojuje v tomto bezpráviu.
Samozrejme, že chcem ešte poďakovať jednej pani Michaela J. zo zdravotníctva, ktorú som tiež spoznal a vďaka nej som mohol spoznať pána M.Šebeňa.
S veľkým poďakovaním za tento vynikajúci článok, ktorý by si mal každý prečítať .........Kamil.
Položili ste si niekedy otázku, prečo je stále viac ľudí chorých, hoci medicína a ochrana životného prostredia stále tvrdia, že je lepšie a lepšie?
Zamysleli ste sa niekedy nad tým, prečo sú voľby zbytočné?
Premýšľali ste niekedy nad tým, prečo je všetko otočené hore nohami?
V jednej knihe a celkom zaujímavej „Prebudenie začína“ sa drzým a srdečným hlasom rozpráva o všetkom, čo ste vždy chceli vedieť, ale nikdy ste sa neodvážili opýtať.
Táto práca stavia most k traume, do ktorej sme nútení a z ktorej sa môžeme oslobodiť až po prebudení.
19.11.2021 Spracoval: ® OZ Dôstojnosť Slovensko v spolupráci s novinármi v zahraničí. Všetky práva vyhradené!!
Potrebujeme vašu pomoc: Bez vašej pomoci by sme toto nedokázali.
Neziskový sektor: SLSP
Názov účtu: Dôstojnosť Slovenska
SK28 0900 0000 0051 7971 8989
Všetky práva vyhradené OZ Dôstojnosť Slovenska. Zdieľanie dovolené.
